至于超过诉讼时效的债权是否可以抵消，我国现无明文规定。但依现行法律及法理，我们试作如下探讨：我国诉讼时效的通说理论认为，诉讼时效的客体是请求权，在债法中，即为债的请求权。我国民法通则规定，民事权利在诉讼时效期间届满后“人民法院不予保护”，权利人即丧失依诉讼程序强制义务人履行义务的权利。但权利人并未完全丧失其实体权利，只是这种实体权利变成了自然债权而已。根据债的理论，债权本身应当包含请求权、受领权、抵消权。对于受领权，我国司法实践都是普遍认可的。如1997年最高人民法院在《关于超过诉讼时效期间当事人达成的还款协议是否应当受法律保护问题的批复》中规定：“对超过诉讼时效期间，当事人双方就原债务达成还款协议的，应当依法予以保护。”这一观点，在民法通则若干问题解释第一百七十一条中也作了明确的规定：“过了诉讼时效期间，义务人履行义务后，又以超过时效为由翻悔的，不予支持。”最高人民法院的这两个司法解释说明，债权本身并不因诉讼时效而消灭，实体权利中的受领权仍然存在。司法解释虽然没有对超过诉讼时效的债权是否可以行使抵消权作出明确的规定，但抵消权作为债权的另一权能，自然应当与受领权一样，并不因时效而消失。往大了说，这也和民法的基本原则即诚信原则相符。既然法律没有明文规定这种情况下不允许抵消，虽然自然债权不受法律强制力的支持，但同样也应当予以保护。
另外，抵消权是一种形成权，发生于双方当事人的债权债务可抵消之时，从法律上讲，抵消作为单方法律行为，无需对方当事人的同意。一方主张的抵消债权是一种“反对债权”，因当事人在双方债权具备抵消要件时往往认为可随时抵消，于是常常怠于为抵消的意思表示。允许抵消，体现的是实质上的公平性和妥当性。因为，从一般人来看，双方互负债务时进行抵消是极为普通的道理，在自己的债务大于债权时，不主动主张自己的债权或提起诉讼，这种不作为行为不具有法律上的非难性。
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