1、制度价值上的不同
虽然诉讼时效期间与除斥期间都有督促权利人积极行使权利的作用，但由于形成权和请求权本身的区别，他们在价值取向仍有不同。法律之所以设定除斥期间，其意义在于促使权利人及时纠正自己意思表示中的瑕疵，同时促使当事人及时辅助效力待定的民事行为。通过适用除斥期间的规定，消灭的是形成权这一权利本身，权利的不稳定状态消除后，不会形成新的秩序，而是是原有的秩序得以继续存在。而诉讼时效是消灭怠于行使的公力救济权，请求权这一权力本身并没有消灭，消除权利的不稳定状态后，会形成新的秩序。所以，诉讼时效是对新秩序的保护。
2、适用范围不同
即客体，对象不同。诉讼时效主要适用于债的请求权;除斥期间主要适用于形成权，在特殊情况下可依据法律规定而使用于请求权。正是由于适用范围不同，所以决定了诉讼时效和除斥期间在使用中有个自居有不同的特点。由于请求权的范围远远大于形成权，因此诉讼时效的规定应当置于民法典总则之中进行抽象规定。而除斥期间则应当根据所限制的形成权的具体内容而分别进行具体规定。
3、构成要件不同
诉讼时效要求同时具备法定期间的经过和权利人不行使权利的事实状态这两个构成要件;而除斥期间只有一个构成要件，那就是一定法定期间的经过。
4、法律效力不同
诉讼时效的法律效力并不消灭实体权利本身，仅发生受法院保护的权利消灭或抗辩权产生的效力，在时效届满以后，使原来的请求权变成一种"自然债"。除斥期间在性质上是一种权利存续期间，一旦期限届满，直接消灭权力本身。超过除斥期间，则权力本身即不复存在。时效期限届满以后，义务人抛弃期限利益的行为，可以视为创设了某种权利。从法律效果上来看，诉讼时效将产生抗辩权发生的效果，而除斥期间都是权利的存续期间，期间届满将发生权利的消灭。
5、起算时间不同
诉讼时效期间一般自权利人能够行驶请求权之日起计算，若权利人不能行使请求法律保护的权利，则一般不开始计算时效期间;除斥期间一般自权利成立之日起计算，至于权利人能否行使权利，一般不影响期间计算。
6、期间弹性不同
诉讼时效在性质上是可变期间，可因法定事由而中止、中断，例外情形下还可以延长。除斥期间从性质上来说，是不能适用中止中断的，因为引起中断的事实是权利人行使权利的行为，除斥期间主要正对的是形成权，而形成权一旦行使，权利也就相应的产生和消灭，所以就没有必要重新计算权利的存续期间。
7、是否可允许当事人自我约定上存在不同
除斥期间可以是法定的，也可以是约定的，法定如可撤销法律行为的撤销权的行使期限，约定如双方约定的合同解除权的行使期限;而诉讼时效均为法定期限，不得允许当事人为约定变更。
8、是否允许法院主动援引不同
诉讼时效的抗辩只能在诉讼中由当事人援引，法院不得主动依职权审查;对除斥期间而言，由于其届满将导致实体权利消灭，从保护权利人的利益出发，法院裁判是应当主动依法审查。
9、法律条文表述不同
对于诉讼时效，法律条文一般直接表述为"时效"，或者表述为某项请求权因多长时间不行使而消灭或者不受保护等等;对除斥期间，法律条文一般仅表述为某权利，如撤销权，其存续期间为多长时间，或者因多长时间不行使而消灭，或应于何期间内行使。
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