(1)立案审查阶段。
《解释》第188条规定，在立案审查时，有被告人下落不明情形的，人民法院“应当说服自诉人撤回起诉，或者裁定驳回起诉”。
(2)审理阶段。
《解释》第204条规定，人民法院“在自诉案件审理过程中，被告人下落不明的，应当中止审理。被告人归案后，应当恢复审理，必要时，应当对被告人依法采取强制措施。”
以上法律规定，对于绝对情形的被告人下落不明的案件处理而言是适当的，但对于相对情形的被告人下落不明的案件处理而言，存在以下弊端：
(1)自诉人无过错丧失胜诉权。根据上述规定，人民法院对于被告人下落不明的刑事自诉案件，首先说服自诉人撤回起诉，在自诉人坚持告诉的情况下，则裁定驳回起诉，从而使自诉人丧失胜诉权，虽然是暂时的，但对于败诉的结果而言，自诉人并不存在举证不力或丧失诉讼时效等过错。被告人下落不明也不是自诉人行为所致。因此，驳回自诉人起诉是立法上的不公。
(2)被告人归案责任不明。被告人下落不明是被告人故意逃匿或隐匿造成，等待被告人觉悟后自行归案，不能说不是一种奢望。由谁查清其下落促其归案，是自诉人，或人民法院，或公安机关，法无明文规定，这不能不算是法律上的漏洞，致使司法实践中形成下列现象：
①人民法院不会承担被告人归案的责任。对于被告人下落不明情节的处理，从立案到审理，人民法院均有法可依，可以驳回起诉，或中止审理，法律并未赋予人民法院负责查清被告人下落促其归案的义务，况且查找并促使被告人归案需要投入一定的警力和物力，采取一定的侦查手段，而人民法院是审判机关，并不具有侦查职能，从客观上讲也无力承担被告人归案的责任。
②公安机关不愿承担被告人归案的责任。《解释》第一条规定，对于轻微刑事自诉案件，人民法院可以移送公安机关处理的，是证据不足的，和对被告人可能判处三年以上徒刑的情形的案件。《规定》第四条则强调，轻微刑事案件中，对于证据不足，可由公安机关受理的，应当移送公安机关立案侦查。而对于被告人下落不明的案件处理，均没有列入可移送公安机关立案侦查的范围。因此，这类由人民法院直接立案审理的案件，公安机关认为不属自己管辖，接收此类案件于法无据。即使人
民法院向公安机关移送，公安机关也是拒收。从人力物力的投入，和查找被告人下落的难度上讲，公安机关也不愿承担被告人归案的责任。
③自诉人难以承担被告人归案的责任。自诉人因自身的人身权利受到侵犯，求助于人民法院，本身就属于弱者一方，让自诉人自行承担被告人归案责任的难度可想而知。作为公民个人，自诉人不能非法行使侦查权采取侦查手段，只有提供线索，配合协助司法机关查找被告人下落，但在人民法院、公安机关不正式介入的前提下，单靠自诉人个人力量难以承担被告人归案责任。
(3)容易导致此类案件久拖不审，久审不结，严重损害被害人合法权益。由于法律上将“被告人下落不明的”视为人民法院可以中止审理的情节，而下落不明的标准由案件的承办人具体掌握，恢复审理也是由承办人决定，那么，难免不会出现承办人不认真履行职责核实被告人下落，轻易将案件中止，或出于种种原因，不按规定恢复审理，“合法”地将案件久拖不审，久审不结，使被害人的告状如石沉大海，权利的实现遥遥无期。
(4)有放纵被告人逃避法律责任之嫌。对于被告人故意隐匿或逃匿的行为，法律上没有相应的处罚措施处罚手段，反而消极地让人民法院中止审理，对被害人的控告不予支持，等于变相鼓励被告人下落不明。
立法上的不足，造成被告人归案的责任不明，自诉人的诉权难以实现，人身权利及相关权利得不到及时有效的保证，动摇了法律的公信力。自诉人觉得告状无门，有可能铤而走险，采取非法手段缉捕被告人，或找被告人自行了断，容易酿成新的治安甚至刑事案件。也不利于打击犯罪，教育广大群众遵纪守法，负面影响是不言而喻的。
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