一、形成权的权利主体具有多重性，与诉讼时效的适用主体存在区别
由于形成权是依单方意思表示即可使法律关系产生、变更、消灭的权利，所以形成权人行使权利的目的既可以是为自己谋取权益，也可以是为自己免除或设定义务，在相应的法律关系当中既可能是权利人，也可能是义务人，呈现多重性的特点。
但诉讼时效的适用则较衡一地适用于权利人对自己权益的保护制度上，其适用对象针对的仅是权利人。
二、形成权的适用期间呈现多样性，与诉讼时效期间存在区别
在现行的法律制度中，形成权的行使期间多表现为除斥期间，有些特定的形成权允许当事人自由约定行使期间，有的甚至不限制期间。比如，可撤销可变更合同的撤销权、变更自当事人知道或应当知道撤销事由之日起一年内行使(《合同法》第五十五条第一款)，合同解除权人可以在双方约定的解除权行使期限内解除合同(《合同法》第九十三条、第九十五条)，承揽合同的定作人可随时解除合同(《合同法》第二百六十八条)。
而诉讼时效期间的法律规定则比较严格，除了均有明确的时间届限外，当事人不得自由约定，属严格的法定期间。
三、形成权的行使可法定可约定，而诉讼时效的适用则严格遵循法定条件
形成权除了在符合法定的情形或条件下可以由当事人行使之外，当事人在合同中亦可约定行使的条件，遵循缔约自由的原则，比如《合同法》第九十三条、第九十五条规定的合同解除条件和行使期限，法律并无非常严格的限制。
而诉讼时效的适用则严格遵循“自知道或应当知道权利受到侵害之日起计算”的条件，没有权利受到侵害的事实存在，也就不存在诉讼时效开始计算的问题，这个标准显然与形成权的行使条件具有多样性和自由性完全不同。
四、形成权的行使效果与诉讼时效经过效果不同
因为形成权多以除斥期间作为行使的期限，这个期限不仅是不能产生中止、中断、延长法律效果的不变期间，而且在该期间内如果当事人不行使形成权，则丧失形成权，在实体上即不能再享有该权利。
而诉讼时效制度作为一种法律制度，可以因法定事由的发生产生中止、中断、延长的效果，而且在时效经过以后权利人的实体权利不受影响，当事人丧失的仅仅胜诉权，而不是实体权利本身，若对方主动履行或不以诉讼时效作为抗辩事由的，丧失诉讼时效利益一方仍可获得权利。
因为诉讼时效是以当事人的权利受到侵害为适用条件的时效制度，其适用依赖于对方当事人的意思表示或行为表现，只有在权利人的权利因对方的意思表示或行为表现受到侵害时，才产生诉讼时效的适用问题。而形成权则是依一方当事人的意思表示即可产生法律关系发生、变更、消灭效果的权利内容，其行使应无需依赖于对方当事人的任何表示或表现即可产生法律效果。其与诉讼时效的适用在时间、空间、条件等内容上是迥然不同的，因而形成权与诉讼时效是两种独立的法律制度。
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