公安机关可以查封、冻结、追缴犯罪嫌疑人的存款，但不能以追缴为名进行直接扣划。
检察院能否直接扣划犯罪嫌疑人的存款
检察院无权直接扣划犯罪嫌疑人的存款。根据法律规定，检察院对犯罪嫌疑人的存款所采取的强制措施只能是查封或冻结，而不能直接扣划，如果需要对犯罪嫌疑人的存款进行收缴或者返还被害人的，应该通知该存款所在银行，由银行进行扣划。
相关法律可参考：
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百一十七条第一款人民检察院、公安机关根据侦查犯罪的需要，可以依照规定查询、冻结犯罪嫌疑人的存款、汇款。
《中国人民银行、最高人民法院、最高人民检察院、公安部关于查询、冻结、扣划企业事业单位、机关、团体银行存款的通知》三、关于扣划单位存款的问题
为使银行扣划单位存款得以顺利进行，人民法院、人民检察院、公安机关在需要银行协助扣划单位存款时，应向银行全面了解被执行单位的支付能力，银行应如实提供情况。人民法院、人民检察院、公安机关在充分掌握情况之后，实事求是地确定应予执行的期限，对于立即执行确有困难的，可以确定缓解或分期执行。在确定的执行期限内，被执行单位没有正当理由逾期不执行的，银行在接到“协助扣划存款通知”后，只要被执行单位银行账户有款可付，应当立即扣划，不得延误。当日无款或不足扣划的，银行应及时通知人民法院、人民检察院、公安机关，待单位帐上有款时，尽快予以扣划。
扣划的款项，属于归还银行贷款的，应直接划给贷款银行，用于归还贷款;属于给付债权单位的款项，应直接划给债权单位;属于给付多个债权单位的款项，需要从多处扣划被转移的款项待结案归还或给付的，可暂扣划至办案单位在银行开立的机关团体一般存款科目赃款暂收户或代扣款户(不计付利息)。待追缴工作结束后，依法分割返还或给付;属于上缴国家的款项，应直接扣划上缴国库。
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