在诉讼程序中共有审判机关、检察机关、侦查机关三个司法主体，他们参与并主导着整个诉讼程序的进程。那么立功是由他们中的某一个机关认定，还是由三个机关共同认定或是三个机关都有认定立功的权力呢?三个机关的职责不同，在诉讼程序中的作用不同，所以，由三个机关共同认定只能造成认定上的更加混乱而别无益处，故不能由三个机关共同认定。那么是否三个机关各自都有认定立功的权力呢?
在一般的案件中最先接触案件的是侦查机关，也是最先进入诉讼程序的，并且犯罪嫌疑人、被告人或罪犯的立功行为也必须由侦查机关在实践中查证属实。可以看出侦查机关在立功的认定上是存在优势的，但是，他也有其无法克服的弱点。侦查机关在侦查中很可能产生先入为主的思想;也有可能为了掩盖自己在侦查中的过失或是错误，而无视犯罪嫌疑人、被告人或罪犯的立功行为;粗心的侦查机关也有可能将立功行为遗漏。在没有一个良好的监督体制下这是相当危险的，会造成侦查机关的渎职，会对有立功表现的犯罪嫌疑人不公，更会放纵其他的犯罪行为。
审判机关是确定被告人有罪无罪，罪重罪轻的最终的决策机关。看上去，审判机关作为认定立功的机关将是最为合理的。但是审判机关也有其无法克服的弱点。立功表现多涉及其他案件，审判机关在审判中不宜过多地考虑与本案无关的事实，以免在审判其他案件时先入为主。同时，在立功表现中有很多是侦查机关正在办理的案件，不可能在很短的时间内交于审判机关，并且在案件尚在侦查的过程中有些事实不宜过早的公开。审判机关在审判案件时，是被要求及时审判，没有特殊情况是不允许超过审判时限，并且审判机关不能对未侦查终结，检察机关未提起诉讼的案件进行定性。为了保证被告人的合法权利，为了案件可以及时审判，审判机关对立功表现不宜做实质性的审查。
笔者认为，确认立功的机关应该是以检察机关为主，公安机关以协助，由审判机关通过程序性审查做最终确认的三机关相互协作，相互配合的结果。理由如下：
首先，检察机关与侦查机关的联系密切，对侦查机关的工作情况也特别了解，同时检察机关根据法律的规定可以提前介入侦查机关的工作。这使检察机关在侦查机关初查立功时给予一定的帮助，并且可以纠正侦查机关在对立功的初查过程中的不法或是违规的行为，保证对立功的初步认定合法、公平、公正，为检察机关对立功的实质性认定做充分、良好的准备。
其次，检察机关依法会对全案进行审查，此时犯罪嫌疑人会因为案件已经进入审查起诉阶段，继续顽抗将会对自己在审判时不利而会尽力和检察机关合作，为减轻自己的罪行而做他们可以作到的一切。这时自首和立功就是他们的首选。检察机关会根据法律的规定对犯罪嫌疑人的立功行为进行全面的审查和分析，以做到最为公正的认定。侦查机关认为有立功行为的，检察机关经过依法全面的审查，认为不符合立功条件的，不予认定为立功，侦查机关或犯罪嫌疑人如有异议，可以申请检察机关复议，由检察机关作出最后的认定;侦查机关在移送审查起诉时没有提出犯罪嫌疑人有立功行为，经检察机关的审查认为犯罪嫌疑人有立功行为或有立功的可能，可以直接认定立功或要求侦查机关补充侦查后作出是否存在立功的认定。
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