犯本罪的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑;致人重伤、死亡或者使航空器遭受严重破坏的，处死刑。
对于劫持航空器的犯罪分子，本条设置了2个量刑档次，即分别情节一般和情节特别严重不同情况予以分别处罚:其一，情节一般的，处10年以上有期徒刑或者无期徒刑;其二，致人重伤、死亡或者使航空器遭受严重破坏或者情节特别严重的，处死刑。
从本条规定可以看出，对劫持航空器罪的处罚总体上体现了重罚精神，具体说主要体现在两个方面:一是将最低刑期规定为10年，也就是说只要实施了劫持航空器的行为，无论是否造成后果，最低都将被判处10年有期徒刑(除了具有刑法总则规定的减轻、免除处罚情节的)，这在我国的刑罚体例中是少见的。二是劫持航空器造成严重后果的，只规定了死刑一个刑种，没有丝毫的选择余地。我们认为，对于劫持航空器的行为予以重罚，符合罪刑相适应的基本原则，作为惩戒这种犯罪的手段和实现对犯罪后果的某种补偿是十分必要的。
需要指出的是，情节轻重是依法惩治劫持航空器犯罪分子的重要依据，认定情节轻重，应从犯罪的动机和目的，劫持的具体行为方式，所造成的危害后果等方面进行全面的分析认定。应处死刑的劫持航空器行为，除了致人重伤、死亡或者使航空器遭受严重破坏的以外，还有情节特别严重的。所谓情节特别严重，主要是指虽末造成致人重伤，死亡或者使航空器遭受严重破坏的后果，但犯罪手段恶劣，造成特别严重的政治影响或造成其他重大损失的等等，如以暴力或暴力威胁拒捕的;在航空器处于危险的状况下，仍强迫飞行、拒绝迫降的;降落于非预定的降落地，羁留航空器上的人员，以待回赎或让其做违反其意志的服务，使航空器改变飞行计划的;意图毁弃或损坏航空器或其所装载的设备而使用炸药或纵火器具，并引起爆炸或火灾的等等。
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