其基本区别在于：
(一)二者的基本性质不同。
准婚姻关系和事实婚姻虽然都是两性结合的一种形式，但是，准婚姻关系的性质是亚婚姻的事实状态，不是婚姻形式。而事实婚姻是一种婚姻关系，尽管存在形式要件上的欠缺，但是具备婚姻关系的实质性要件，当事人之间的关系是婚姻关系。
(二)二者的当事人合意的内容不同。
准婚姻关系的当事人和事实婚姻的当事人双方都有两性结合的合意，但是合意的内容不同。准婚姻关系双方当事人的合意，是共同居住，共同生活，并不具有结为夫妻的合意。而事实婚姻的当事人之间具有结婚的合意，彼此愿意永久地成为夫妻，以夫妻的身份共同生活。
(三)二者对外公示的内容不同。
准婚姻关系是公开的两性结合关系，而不是秘密姘居，因此对外也具有一定的公示性，但公示的内容不是夫妻关系，不是配偶，而仅仅是异性的同居者。而事实婚姻对外的公示内容是双方结为配偶，而不是一般的两性同居，因此具有原则的区别。
(四)二者当事人之间的权利义务不同。
在准婚姻关系，双方当事人之间不发生权利义务关系，不产生亲属的身份，法律关于夫妻权利义务关系的一切规定都不适用，双方当事人不是配偶，均不享有配偶权。而事实婚姻的双方当事人发生配偶的权利义务关系，确定的身份是配偶，享有配偶权，法律关于夫妻的权利义务的规定都适用于事实婚姻的当事人。
(五)二者的财产关系内容不同。
准婚姻关系的当事人在同居期间，在财产上究竟采用何种体制，在于他们之间的合意，如果采用共有制，则为共有制，如果采用分别财产制，则为分别财产制，如果没有约定，则为分别所有，并非必然产生共有制。而事实婚姻的财产制适用关于婚姻财产关系的规定，如果没有约定，则为共同共有，为婚后所得共有制。
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