牵连犯是裁判上的一罪，因而实行从一重罪处断的原则。也就是说，牵连犯对牵连犯应当采用吸收的原则，按照数行为所触犯的罪名中最重的罪论处。
(一)刑法条文规定的牵连犯处罚原则
牵连犯在司法实践中经常涉及。刑法条文并未做明文规定。构成牵连关系有很多种可能。刑法分则中对个别牵连犯规定的处罚原则，只是其中的一小部分。这些规定也不是适用统一的处罚原则，而是既有从一重处断又有数罪并罚。
第一种规定：从一重处断原则。例如刑法第399条第3款规定：司法工作人员贪赃枉法，有前两款行为的，同时又构成本法第385条规定之罪的，依照处罚较重的规定定罪处罚。即徇私枉法罪与受贿罪或枉法裁判罪与受贿罪构成牵连犯，要从一重处断。
第二种规定：数罪并罚原则。如第157条第2款规定：以暴力、威胁方法抗拒缉私的，以走私罪和本法第277条规定的阻碍国家机关工作人员依法执行职务罪，依照数罪并罚的规定处罚。即走私罪和妨害公务罪构成牵连犯，实行数罪并罚。
类似的规定还有一些。这些牵连犯的特例，法官在具体定罪量刑时可以直接适用，不会有太大争议，而实践中还存在大量的刑法条文未提到的牵连关系，该适用什么处罚原则就是一个需要解决的问题。
(二)司法实践中牵连犯的处罚原则
实践要受理论的指导，理论界对牵连犯应适用什么处罚原则存在很大争议。主要有从一重处断说、数罪并罚说和折衷说三种观点。从一重处断说认为牵连犯应按数罪中最重的一个罪定罪，并在该罪的法定刑内从重处罚，不认定为数罪;数罪并罚说认为牵连犯都应并罚;折衷说认为对牵连犯不能一律适用从一重处断原则，也不能都适用数罪并罚，而应以法
牵连犯律规定为标准，对刑法无明文规定的适用从一重处断原则，对刑法有规定的依刑法规定处罚。
笔者认为这种说法实质上还是主张从一重处断，因为对于刑法明文规定的处罚原则不能变更，是要在讨论范围之外的。因在刑事诉讼中，由于公诉人、法官各自对牵连犯认识的不统一，类似的案件，在不同的公诉人或法官手中，就会做出不同的处理结果。这样一来，要么是对犯罪行为的轻处，要么就是重处。这种同一行为的不同处罚，客观上形成司法不公。同时也可能为个别司法人员开脱罪犯制造条件。
要解决适用处罚原则混乱的问题，办法就是要对处罚原则进行统一规定。从一重处断、数罪并罚这两种并存的处罚原则各有利弊，对其进行比较分析，以期能够找到一种博采众长的最为适宜的牵连犯处罚原则。
因为牵连犯是一种客观存在的罪数刑态，它具有不同于其他罪数形态及数罪的特殊性：即方法行为与目的行为或原因行为与结果行为的牵连性。因为这种牵连关系，行为人的主观恶性和客观社会危害性要介于一罪与普通数罪之间，所以对其处刑也应在一罪与数罪范围内。若取消牵连犯就是对其特殊性的否定，若完全适用数罪并罚就是将其与普通数罪同等对待，实质上是对牵连犯的否定。
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