修改后的刑法对交通肇事罪的主体没有作特别规定，凡是年满16周岁具有刑事责任能力的公民，都可以成为交通肇事罪的主体，只要其有违反交通管理法规并造成致人重伤死亡或使公私财遭受产重大损失的交通肇事行为，他就构成交通肇事罪。理论界认为交通肇事罪的主体一般是与交通运输有直接关系的业务人员。主要包括以下三类：
(1)交通工具的驾驶人员，如汽车司机、轮船舵手等;
(2)交通运输安全的保障人员，交通设备的操作、指挥人员等;
(3)交通运输生产的直接指挥人员，如车队的领导、指挥人员等。
那么并不直接从事交通运输的人员是否可以构成交通肇事罪呢?1987年最高人民法院和最高人民检察院联合发布的《关于严格依法处理交通肇事案件的通知》(以下简称《通知》)第一条规定“从事交通运输的人员或非交通运输人员，违反道路交通规章制度，因而发生重大交通事故的，在具体分析事故发生的主客观原因基础上，对于构成交通肇事罪，应负事故主要或全部责任者，应依照刑法第113条的规定追究刑事责任。”
这里的“非交通运输人员”是仅指非专业从事交通运输的人员或不具备从事交通运输的资格的人员在从事交通运输过程中发生了交通事故(如无证驾驶造成交通事故)，还是包括其他并不驾驶交通工具或指挥交通运输的人员在内(如行人违章横穿高速公路，司机紧急刹车造成汽车追尾。)行为人在此是否构成交通肇事罪?从司法解释的原意来看是似乎仅仅指前者，不包括一般的行人在内。
但从司法实践来看，不乏因行人违章造成交通事故的案例，由于对司法解释的理解存在差异，以至在司法实践中对非交通驾驶人员或指挥人员违章造成交通事故的人员追究刑事责任的极少。我们认为，无论是立法还是司法解释对构成交通肇事罪的犯罪主体均未作限制，只要是交通事故的发生与行为人的违章行为存在因果关系，行为人就可以构成交通肇事罪的主体。
《通知》第一条第(五)项规定，单位负责人或者车主强令本单位或所雇佣人员违章驾车造成重大交通事故的，应按照刑法(指79年刑法)第一百一十三条的规定，追究刑事责任。在此情况下单位负责人或车主与驾驶员之间是成立共同犯罪抑或按间接正犯的理论仅追究单位负责人或车主的刑事责任在理论上值得探讨。
由于我国刑法并不认为共同过失能构成共同犯罪，在司法实践中一般只追究单位负责人或车主的刑事责任。但如果这一“强令”并不含有驾驶员如果不执行此“强令”将会对其产生不利后果的意义，而只是一种建议或意见时，则应追究驾驶员的刑事责任。与此相类似的情况还有犯罪分子协迫司机违章驾驶造成重大交通事故的，对实施协迫行为的人应当按交通肇事罪追究刑事责任。
此外，有一种观点认为，由于修改后的刑法新设定了“飞行肇事罪”和“铁路运营肇事罪”，因而航空人员和铁路运营人员不能构成交通肇事罪的主体。根据刑法第131条和第132条的规定，只有航空人员和铁路运营人员才能构成飞行肇事罪和铁路运营肇事罪，但这并没有排除航空人员和铁路运营人员成为交通肇事罪的主体。
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