亲子关系诉讼中直接证据的缺乏和亲子关系证明责任的高标准，使得亲子鉴定成为认定或否定亲子关系的关键性证据。亲子鉴定技术简便易行，准确率较高，从技术手段方面来讲，目前被广泛采用的DNA鉴定技术，肯定生物学父子关系的准确率在99.99%以上。否定生物学父子关系的准确率则几乎达到100%，在诉讼中起到了极为重要的作用。
但如果当事人拒绝做亲子鉴定，对此类纠纷应如何处理，审判实践中争议比较大，法院往往很难定夺。由于亲子鉴定事关重大，涉及到夫妻双方、子女和他人的人身关系和财产关系，请求确认亲子关系的一方要承担与其诉讼请求相适应的举证责任，即其生父和生母有同居或受胎之可能的基本事实。如果过分强调请求一方的证明责任，势必使请求人的实体权利难以得到保护：但如果忽略请求一方的证明责任，则可能导致权利滥用，不利于家庭关系的稳定和当事人隐私的保护。
亲子鉴定作为一种证据方法，其实施必须具有必要性与正当性。有利于子女的最佳利益构成必要性，所谓正当性，是指当事人在请求进行亲子鉴定时，已具有推论亲子关系存在与否的重要证据，使进行亲子鉴定成为正当的收集证据的手段。在处理有关亲子关系纠纷时，如果一方提供的证据能够形成合理的证据链条证明当事人之间存在亲子关系，也可以说在万事俱备只欠东风的情况下，另一方没有相反的证据又坚决不同意做亲子鉴定的，由于亲子鉴定使用的是人体生物学样本，本人是否同意鉴定、同意采样，关系到人权问题，法院不能强制当事人做亲子鉴定，但可以按照最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第七十五条：“有证据证明一方当事人持有证据无正当理由拒不提供，如果对方当事人主张该证据的内容不利于证据持有人，可以推定该主张成立”的规定做出处理。
有人认为，亲子鉴定涉及人身权利的保护，如果适用上述司法解释有关推定的规定，等于变相强迫鉴定，有侵犯人权之嫌疑。笔者认为，权利冲突是现代民事诉讼中常见的一种情形，如何正确处理权利之间的相互冲突，取决于法官的价值取向以及两种利益之间的选择和平衡。在有关亲子关系的纠纷中，一方面要保护非婚生子女的合法权益，另一方面要保护相对方的人身和人格权利不受侵犯。面对相互冲突的权利和利益，我们应当将未成年子女享有的被抚养教育的权利置于司法保护的首位。
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