亲子鉴定涉及到夫妻双方及子女的人身、财产、名誉等诸多方面的问题。人民法院审理民事案件涉及到亲子鉴定时，一般应坚持如下原则：
一是当事人主动申请。在处理婚姻家庭案件时，审判机关即使对“父子”关系有怀疑，也不能主动依职权委托有关部门作亲子鉴定。这是我们在处理婚姻家庭案件时必须遵守的前提和原则，也是体现保护妇女和儿童的合法权益(尤其是儿童)的具体要求。只有一方或双方当事人在诉讼中向法院提出作亲子鉴定的申请时，审判机关才能考虑是否启动亲子鉴定的程序。如一方或双方没有提出这一请求，即使在亲子关系上可能存在着一些问题或疑异，审判人员还是应该按正常的婚姻家庭案件来处理。
二是当事人自愿。在这一问题上，当前的审判实践中存在着不同的意见。一种观点认为，只要一方当事人在涉及婚姻家庭纠纷中向法庭提出了亲子鉴定的申请，人民法院对其申请应予采纳和支持。其理由主要是：首先，从当事人行使权利的角度来说，申请亲子鉴定是其权利，因为法律对此并无禁止性规定;其次，这也确是案件审理的需要，到底是不是“父子(女)”关系，只有通过科学的手段才能进行辩别，也即只有通过亲子鉴定，有了明确的鉴定结论，法院才能正确地进行审理。
另一种观点认为，即使一方向法庭提出了亲子鉴定的申请，但与此同时还得经过另一方的同意才行，在一定情况下还得经过其子女的同意才行。其理由是：
首先，亲子鉴定是公民的一种人生权，在具体操作时需要双方及其子女的配合，在民事诉讼中，双方当事人的身份地位是平等的，因此法院不可能也不应该通过强制的方法来进行鉴定。如果没有另一方的配合，要作亲子鉴定是不可能也不现实的。
其次，从证据的角度来说亲子鉴定结论也是一种证据，一方当事人有权利向法庭提供证据，但不能通过强迫另一方配合或协助来取得证据。对于亲子鉴定这一问题来说，提出申请是一方当事人的权利，但另一方当事人从法律上有权予以拒绝。
再次，亲子鉴定涉及到很多的法律和社会问题，特别是涉及到社会的稳定。因此，从某种程度上讲，不宜多提倡作亲子鉴定。笔者同意第二种观点。三是视情况征求子女意见。亲子鉴定不仅仅是涉及到夫妻二人的事情，实际上更多的是涉及到该子女当前和将来的成长和生活。子女是无辜的，夫妻双方所作的一次亲子鉴定，有可能对他们带来一辈子的负担和包袱。因此在是否作亲子鉴定时要根据具体情况征求子女的意见。笔者认为应以该子女是否年满十周岁为分界线。十周岁以下的未成年人，根据我国法律的规定是无民事行为能力人，是否作亲子鉴定可以以其“父母”决定为主，但如该子女已达到十周岁以上，一定要征求其意见，如其不同意作鉴定，人民法院不应同意申请人作亲子鉴定的请求。
四是从严掌握。亲子鉴定涉及到亲情、婚姻、财产、名誉等多方面的问题，应从有助于建设和睦、团结的家庭，有利于整个社会良好的风尚和我国的精神文明建设，有利于子女的成长及成材角度出发，必须从严掌握。同时，作亲子鉴定时一定要做到程序合法，即整个鉴定过程都必须符合法律的有关规定，不能走捷径。只有程序合法，才能确保实体公正。
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